Objective: In light of growing concerns regarding potential increases in porcine circovirus type 2 (PCV2)-associated diseases in Quebec between 2021 and 2022, the objective was to characterize PCV2 genotype diversity in Canada.
Samples and procedure: A total of 54 analyzed samples (2021 to 2023) either were submitted by veterinarians to the Molecular Diagnostic Laboratory (MDL) of the Centre de Diagnostic Vétérinaire de l'Université de Montréal (CDVUM) or were collected from pigs necropsied at the Quebec Ministry of Agriculture, Fishery and Food (MAPAQ) laboratories. The sick pigs from which samples were collected had various clinical signs, including those of PCV2-associated diseases. Whole-genome sequencing for PCV2 was done either by Sanger sequencing from 2 PCR amplicons covering the entire viral genome or by high-throughput sequencing.
Results: The main PCV2 subtype identified as circulating in Canada was PCV2d (48.1%). Only 1 strain clustered into the PCV2e subtype (1.9%). In previous reports, PCV2b was the main subtype present in the field. However, only 5 PCV2b sequences (9.3%) were identified in 2022 and 2023.
Conclusion and clinical relevance: This is apparently the first official identification of PCV2d and 2e genotypes in diseased Canadian pigs. Results also provided an overview of PCV2 strains now circulating in Canada compared to reports from 2007 to 2008.
Diversité génomique du circovirus porcin de type 2 (PCV2) à partir d’échantillons diagnostiques porcins du Canada prélevés de 2021 à 2023 : mise en évidence des génotypes PCV2d et PCV2e.
Objectif: À la suite des préoccupations grandissantes vis-à-vis une possible augmentation des maladies associées au PCV2 au Québec entre 2021 et 2022, l’objectif de cette étude a été de caractériser la diversité des génotypes du PCV2 au Canada.
Échantillons et procédure: Un total de 54 échantillons obtenus entre 2021 et 2023 ont soit été envoyés directement par les vétérinaires praticiens au Laboratoire de diagnostic moléculaire (LDM) du Centre de Diagnostic Vétérinaire de l’Université de Montréal (CDVUM) ou les animaux ont été nécropsiés aux laboratoires du Ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec (MAPAQ). Les animaux malades, desquels les échantillons ont été prélevés, démontraient différents symptômes incluant ceux liés aux maladies associées au PCV2. Le séquençage du génome entier du PCV2 a été réalisé soit par la méthode de type Sanger à partir de deux amplicons de PCR représentant la totalité du génome viral, soit par séquençage à haut débit.
Résultats: Le principal sous-type de PCV2 retrouvé au Canada a été le PCV2d (48,1 %). Une seule souche virale a été associée au PCV2e (1,9 %). D’anciennes études avaient démontré que le sous-type majoritairement présent dans les fermes était le PCV2b. Cependant, seulement cinq séquences de PCV2b (9,3 %) ont été identifiées en 2022 et 2023.
Conclusion et pertinence clinique: Il s’agit possiblement de la première identification officielle des génotypes PCV2d et PCV2e chez des porcs canadiens infectés. Les résultats obtenus donnent également un aperçu global des souches de PCV2 qui circulent actuellement au Canada comparativement aux précédents rapports de 2007–2008.(Traduit par les auteurs).
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